目的に合わせて上手にコンパニオンプランツを利用すると
農薬や
肥料が必要なくなるとする主張もある。実際、
マリーゴールドが線虫に対する殺虫効果をもつため、作物に対する病害の抑制に用いられている、あるいは作物に寄生しない種類の
アブラムシの宿主となる植物を植栽したり、同様の性質を持つ雑草を温存することで、アブラムシの
天敵を農地に増やす、というように、科学的な根拠が確認されているものが多く知られている。こうしたことから、コンパニオンプランツを利用したのに、農薬や肥料を用いることで、益虫がいなくなったりするとする主張も見られる。しかし、必ずしも科学的な根拠が立証されているわけではないものも少なくなく、期待していた効果が得られないこともある。
植物の組み合わせによって、相互に良い効果を与え合う組み合わせと、ある植物が付近の他の植物に良い効果を一方的に与える(付近にある植物が、良い効果として受け取る)組み合わせとがある。またコンパニオンプランツの裏返しで、互いに生育が悪くなる植物の組み合わせも存在する。