木曽三川や湾奥の
新川・
庄内川をはじめとする河川からの
栄養塩の過大な流入により大規模な
赤潮が発生し、
プランクトンの死骸が発生する。発生した死骸が分解される際、大量の
酸素が消費されることで貧酸素水塊が発生する。それに加え、夏季には日射による海水面の水温上昇(
水温成層の発達)、および河川水による
密度成層が顕著となることで
鉛直混合が妨げられ、大規模な貧酸素水塊が発達する。発生した貧酸素水塊は、栄養塩(河川水)の流入が多くなる、梅雨後期に発達し(密度成層が発達)、夏季に最盛期を迎え(水温成層及び密度成層が発達)、秋季に減衰期(鉛直混合が盛んとなる(海水面の温度の低下)・外海水の流入しやすい状況(河川からの流入が少なくなる))となる。この貧酸素水塊により、水質浄化機能が大きいものの、逃避能力が低い二枚貝などの
底生生物に大きな影響を与え、それらが死滅(窒息)し分解される際,さらに
溶存酸素を消費し、水質を悪化させることとなっている。また貧酸素水塊が発生している状況下で、陸から沖方向へ強い風が吹くと、水面近くの水が沖方向へ流され(
吹送流)、海底近くの海水が湧き上がる現象が発生する。これを
青潮(苦潮)といい、沿岸地域における、漁業に大きな被害が発生することがある。