殻付の半熟卵はゆで卵と調理方法は同じだが、黄身を固まらせないために茹で時間を短くしなければならない。一例として、一般的なM〜Lサイズの鶏卵であれば、80℃程度の湯に鶏卵を入れて沸騰させ、7分ほど茹でたあとさらに火を止めて30秒ほど置き、その後冷水に2〜3分つけておくと半熟卵になる。茹でた後冷水に入れるのは、黄身に熱が過剰に加えられることを防ぐことと、卵殻膜と卵白の間に水滴を凝結させることで双方の固着を防ぎ、殻をむき易くするためである。
一般的な半熟卵とは逆に、卵黄よりも卵白が柔らかい状態になるように茹でた鶏卵は
温泉卵と呼ばれる。半熟卵では卵の内部への熱伝導のタイムラグを考慮し卵白が時間的に先に加熱される現象を利用して、卵黄が完全に凝固状態になる前に加熱停止しているのに対して、温泉卵では熱凝固を起こす温度が卵黄のほうが低いことを利用して、卵黄が熱凝固する温度と卵白が熱凝固する温度の中間温度でゆっくり加熱する。