世は
労働者の
ストライキが急増、
小作争議が広がり、
学生運動も台頭。森戸も当時の知識人たちと同様、近代社会の弊害を除去するための探求に進む。
社会科学あるいは
社会問題を生涯の研究課題に選ぶ。森戸は大学に残り師事した
高野岩三郎の経済統計研究室でしばらく助手をした後
1916年、経済学科
助教授となる。当時の経済学科は法科大学の附属品のような存在であったため、他の研究者たちと独立に尽力。
経済学・社会科学の研究は、
法律・
政治の国家学とは本質的に異なるうえ、国家主義的思想の強い法科大学とは袂を分かちたい気持もあった。結果的にこの考えが後の
森戸事件で
上杉慎吉ら学内の
右翼団体から攻撃を受ける事となる。
1917年、
ロシア革命が発生。
1919年、経済学科が経済学部として法学部から独立。
1920年、新機運を象徴するものとして経済学部が森戸と同じ助教授だった
大内兵衛編集による
機関誌『経済学研究』を刊行。森戸は人類の究極の理想が無政府共産制にあるとの考えから、この創刊号に
ロシアの
無政府主義者・
クロポトキンの「パンと奪取」という論文を
翻訳し「クロポトキンの社会思想の研究」として発表した。このことが上杉慎吉を中心とする学内の右翼団体・興国同志会から排撃を受けて雑誌は回収処分のち発売禁止となった。さらに
新聞紙法第42条の朝憲紊乱罪により森戸と大内は起訴された。これをきっかけに
東大新人会が森戸らを擁護、さらに各大学の学生団体も森戸を擁護し新聞・雑誌も大きく取り上げ、言論界は大論争となった。裁判では
今村力三を主任弁護士に
原嘉道、
花井卓蔵、
鵜沢総明、特別弁護人に
三宅雪嶺、
吉野作造、
佐々木惣一、
安部磯雄ら錚々たるメンバーが揃い、
大審院まで行ったが上告は棄却され有罪が確定。森戸と大内両名は失職した。この間森戸は
巣鴨プリズンの独房で3ヶ月を過ごした。しかし前述の弁護団を始め
有島武郎や
長谷川如是閑、
後藤新平ら多くの文化人が森戸らを擁護し、有島とは終生変わらぬ交友を持った。有島は生前のクロポトキンに会った数少ない日本人の一人である。
