植物体の
頂端分裂組織近辺にある
細胞は
細胞分裂により常に新しい細胞が誕生しているため、新しい細胞が誕生するスピードに植物
ウイルスや
ウイロイドなどの細胞内寄生病原の
感染が追いつかず、一般的に
ウイルスフリーであると考えられている。実際に茎頂培養する際には頂端分裂組織に
葉原基をつけた状態で摘出し、培養することでウイルスフリーの植物体を作ることができる。しかし、実際にはウイルスフリーの部分は植物種によっても異なるが、約0.2mm程度と大変小さく100%ウイルスフリー株を作ることは難しい。一般的に茎頂部を小さく摘出すればするほどウイルスフリーとなる確率は高いが、植物体に再生する確率は低くなる。
通常の育苗と比べると専用の設備を必要とすることから、一般にそのコストを吸収できる程度に付加価値をつけて高価に販売できる植物種だけが経済的に成り立っている。特にウイルスフリー化による無病苗の作出により、培養期間を従来より短縮できるなどのメリットのあるラン類や収量と品質向上効果が得られる作物などでは、茎頂培養が普遍的に普及した培養法になっている。